Omicron est majoritaire en France (17% des tests positifs) et donne lieu à des symptômes généralement bénins, avec moins d'hospitalisations. Il est par ailleurs trois fois plus contagieux que Delta.
Le nom Omicron vient du grec ancien ὂμικρόν, c'est la 15e lettre de l'alphabet grec. La dernière syllabe "on" a la même prononciation que "on / off".
Quels sont les symptômes du variant Omicron ?
Selon Santé Publique France, qui a étudié 338 cas de Covid Omicron -des cas plutôt jeunes- la majorité était symptomatique (89%) mais de façon bénigne.
Quels sont les symptômes du variant Omicron chez l'adulte ? Voici les symptômes rapportés selon ces données fournies par Santé Publique France au 4 janvier :
Asthénie (fatigue) dans 60% des cas
Toux (54% des cas)
Fièvre (48% des cas)
Maux de tête (43% des cas)
Myalgies (ou courbatures) dans 40% des cas
Mal de gorge (30% des cas)
Ecoulement nasal (26% des cas)
Sensation de fièvre (13% des cas)
Essoufflement (9% des cas)
Perte de goût (9% des cas)
Perte d'odorat (9% des cas)
Nausées et vomissements (7% des cas)
Dyspnée (respiration désagréable) dans moins de 3% des cas.
Par ailleurs, selon un rapport publié par les Centres de contrôle et de prévention des maladies américains, ils sont similaires à un rhume. Les plus fréquemment observés sont :
la toux sèche, la gorge irritée
la fatigue
la congestion nasale (nez bouché) ou l'écoulement nasal
les courbatures
Des cas de fièvre, nausées, vomissements, essoufflement et diarrhée ont également été signalés, mais dans une proportion moindre, toujours selon ce rapport.
Des sueurs nocturnes sont parfois également évoquées.
En revanche, la perte de goût et d'odorat ne semble pas associé au variant Omicron, selon ces mêmes données américaines.
Les données provenant d'Afrique du Sud indiquent aussi des symptômes plutôt légers, similaire à une grippe ou à un rhume. Le médecin généraliste Unben Pillay, a décrit -lors d'une conférence organisée par le ministère de la Santé d'Afrique du Sud les symptômes suivants : toux sèche, fièvre, sueurs nocturnes, nombreuses douleurs corporelles.
Quelle est la durée des symptômes ? En Afrique du Sud, la plupart des infections sont décrites comme bénignes, "avec des guérisons généralement dans les trois jours", avait déclaré Ryan Noach, directeur général de Discovery Health, le principal organisme d’assurance médicale privé sud-africain.
Un symptôme toucherait particulièrement les enfants : une éruption cutanée soudaine, que l'on appelle "rash".
Comment sait-on si on est infecté par Omicron ?
Les tests de criblage (systématiquement effectués en cas de test positif) permettent d'identifier 3 types de mutations présentes sur le variant Delta. Or, ce que l'on sait, c'est que contrairement au variant Delta, Omicron ne présente ni la mutation L452R (mutation codée C) ni la mutation E484K (mutation codée A). Les tests ne présentant pas cette mutation (A0C0 sur les résultats), sont donc suspectés Omicron. Le variant Omicron présente par ailleurs d'autres mutations nouvelles (codées D) donc les résultats indiquant D1 confirment que l'infection est due à Omicron.
Vague Omicron : combien de cas en France ?
Le variant Omicron est majoritaire en France. En effet, selon le dernier bulletin épidémiologique de Santé Publique France (6 janvier) :
74% des tests criblés montraient un profil compatible avec le variant Omicron en début de semaine 52, contre 42% la semaine précédente.
Selon les dernières données : la dernière semaine de décembre, la proportion de prélèvements compatibles avec Omicron a augmenté de manière importante (74%, soit 259 794 résultats, vs 42% la semaine d'avant), avec des disparités régionales. Mais pas de la même façon dans toutes les régions : la proportion de Omicron variait entre 51% en Provence-Alpes-Côte D’Azur et 90% en Île-de-France. Elle était aussi hausse en Guadeloupe, en Martinique et à La Réunion même si elle restait plus faible qu’en métropole.
Le variant Omicron, très contagieux, est bien responsable de la flambée actuelle de cas, qui ont dépassé les 300 000 par jour en France. "Cela va continuer à augmenter dans les prochaines semaines", a indiqué Olivier Véran ce 3 janvier sur France Inter.
Face au "raz-de-marée Omicron", le gouvernement mise sur une campagne de vaccination de rappel massive (25 millions de rappels de vaccination en cinq semaines) et a annoncé de nouvelles mesures de restrictions sanitaires comme le recours obligatoire au télétravail dans les entreprises concernées ou le retour des jauges pour les événements publics. De nouvelles règles d'isolement sont d'ores et déjà en vigueur pour les personnes positives au Covid et pour les cas contacts. A l'école aussi, le protocole sanitaire a évolué pour éviter les fermetures de classe. Enfin, l'exécutif a décidé d'accélérer le calendrier pour le projet de loi transformant le pass sanitaire en pass vaccinal. Le projet de loi a été adopté en première lecture à l'Assemblée nationale ce 5 janvier au soir. Etape suivante : le Sénat, avant une mise en œuvre espérée le 15 janvier.
En Europe, "une augmentation rapide des cas de variant Omicron est attendue au cours des deux prochains mois" et selon les prévisions des scientifiques, "il est susceptible de devenir dominant au cours des deux premiers mois de 2022",avait expliqué ce 15 décembre, la directrice du Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC), Andrea Ammon, dans une allocution vidéo. "La probabilité d'une propagation du Omicron dans l'UE/EEE est très élevée”.
Quelle est la durée d'incubation de Omicron ?
Un élément important du variant Omicron accélère sa circulation : sa durée d’incubation (le temps entre la contamination et l'apparition des symptômes) est plus courte, de l’ordre de trois jours au lieu de quatre à cinq avec Delta, a confirmé le professeur Arnaud Fontanet, épidémiologiste à l’Institut Pasteur, lors d'une interview au Journal du Dimanche, le 2 janvier.
Ce délai d'incubation plus court, conjugué à l'augmentation exponentielle de l’incidence des personnes positives ont poussé le gouvernement à réduire la durée d’isolement des cas contacts et des personnes contaminées au Covid-19.
Le variant Omicron est-il moins dangereux que Delta ?
"Les investigations réalisées en France sur les premiers cas détectés d’infection par Omicron, ainsi que les premières données de surveillance", suggèrent une moindre sévérité de l’infection par le variant Omicron, confirme Santé Publique France, dans son bulletin daté du 6 janvier, confirmant ainsi les données internationales.
Les analyses préliminaires du Royaume-Uni, du Canada, des États-Unis et d’Israël suggèrent un risque d'hospitalisation réduit pour Omicron par rapport aux autres variants (de 56% à 81%), mais "ces données sont à interpréter avec précaution car les cas d’infection sont encore majoritairement observés chez une population jeune, et donc moins à risque", modère Santé Publique France.
En France, les données du réseau OSCOUR® montrent un taux d’hospitalisation après passage aux urgences pour suspicion de COVID-19 en baisse depuis deux semaines (36% en S52 vs 50% en S50). Elles suggèrent ainsi une moindre gravité des cas ayant eu recours aux urgences pour suspicion de COVID-19 sur les deux dernières semaines (au cours desquelles le variant Omicron est devenu majoritaire). "Cette interprétation précoce est à prendre avec prudence", souligne encore SPF.
Santé publique France et les Agences régionales de santé ont par ailleurs investigué 338 cas confirmés. La majorité était symptomatique (89%), mais de façon bénigne, ce qui peut être lié à l’âge des cas (médiane de 32 ans) et à la faible proportion d’entre eux qui présentaient des facteurs de risque (13%). Par ailleurs, 95% n’avaient pas reçu une dose de rappel. Seuls cinq cas ont été hospitalisés (soit 2%*), dont aucun en réanimation. Parmi eux, trois n’étaient pas vaccinés (dont un rapportant une précédente infection), et un était primo-vacciné avec une dose de rappel. Ces résultats préliminaires, qui doivent être interprétés avec prudence, "suggèrent toutefois une moindre sévérité de l’infection par Omicron, ce qui est cohérent avec les analyses publiées par d’autres pays", selon Santé Publique France.
Début janvier, les données anglaises publiées avaient en effet confirmé les données sud-africaines : il y a trois fois moins de formes graves de la maladie avec Omicron qu’avec Delta.
"C’est un variant moins virulent, avec moins de formes sévères du Covid-19, expliquait le Pr Fontanet (Institut Pasteur) au JDD ce 2 janvier. Les médecins britanniques constatent que leurs patients Omicron ont moins souvent besoin de ventilation mécanique ; les durées de séjour à l’hôpital sont plus courtes." La raison ? "Plusieurs études menées par des équipes de chercheurs réputées viennent de montrer que le variant Omicron se multiplie moins bien dans les cellules pulmonaires."
En outre, le fait qu'Omicron infecte des personnes déjà vaccinées -donc mieux protégées des formes graves- explique cette moindre sévérité.
Pour résumer : pour l’heure, ce variant semble moins sévère que Delta. Mais sa transmissibilité accrue et la croissance exponentielle des cas qui en résultent inquiètent les scientifiques. Au final, ces derniers points "pourraient l’emporter rapidement sur les avantages d’une moindre gravité et provoquer un grand nombre d’hospitalisations et de décès", avait alerté la directrice du Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC), Dr. Andrea Ammon.
Et de souligner l’importance de réintroduire rapidement les gestes barrière, en plus des campagnes de vaccination.
Omicron est-il plus contagieux ?
Oui, Omicron est beaucoup plus contagieux que Delta. Ce variant comporterait pas moins d'une trentaine de mutations, alors que le variant Beta n’en comptait que trois et que le Delta n'en comptait que deux. Et pour rappel, le variant delta qui circule en France présente uniquement la mutation L452R ce qui implique une augmentation de la transmissibilité du virus plus élevée (+50%).
Selon les études menées au Royaume-Uni et en Afrique du Sud, Omicron est environ 3 fois plus transmissible que Delta.
"Nous savons qu’il présente 32 mutations, insertions ou délétions de la protéine Spike dont notamment la mutation N501Y qui a été associée à l’augmentation de la transmissibilité des variants alpha, béta et gamma", précise Santé Publique France.
Conséquence directe : la protection contre l’infection n’est plus que de 50 % deux mois après la deuxième dose, et diminue ensuite, avant de remonter à 70 % après un rappel, mais pour diminuer à nouveau ensuite. C'est ce qui explique que des clusters en population vaccinée ont été décrits en Norvège, au Danemark et aux îles Féroé.
L'organisation souligne par ailleurs que des preuves préliminaires suggèrent qu'il peut y avoir un risque accru de réinfection avec Omicron (c'est-à-dire que les personnes qui ont déjà eu le Covid pourraient être réinfectées plus facilement avec Omicron), par rapport à d'autres variantes préoccupantes, même si les informations sont limitées.
Les vaccins sont-ils efficaces contre Omicron ?
D’après Santé Publique France, la protection induite par une précédente infection ou par une vaccination deux doses est fortement diminuée contre Omicron par rapport aux autres variants. En revanche, la protection semble être conservée, bien qu’à des niveaux moindres que pour les autres variants, chez les personnes vaccinées avec un schéma complet et un rappel et celles ayant à la fois été précédemment infectées et vaccinées avec un schéma complet.
"Vous pouvez attraper le Covid19 après avoir reçu trois doses de vaccin, mais votre risque d’être hospitalisé est au moins divisé par dix par rapport à un non-vacciné ou à quelqu’un qui ne le serait que partiellement", a expliqué Olivier Véran.
>> L’UK Health Security Agency (UKHSA) a rapporté vendredi 31 décembre les résultats d’une étude sur l’efficacité des vaccins contre le risque d’hospitalisation. Bonne nouvelle, une personne symptomatique après avoir été contaminée par le variant Omicron a 68 % de risque en moins d’être hospitalisée si elle a reçu trois doses de vaccin par rapport à une personne non vaccinée.
On dispose aussi des résultats de l'étude sud-africaine menée en vie réelle entre novembre et décembre par Discovery Health, première assurance maladie privée du pays.
Que faut-il retenir ?
La vaccination (double dose) continue de fournir une protection significative de tomber gravement malade du Covid, même si cette protection est réduite à 70%, versus 93% avec le variant Delta. A noter que l'efficacité de la double dose est moindre quand on avance en âge en raison d'une immunité naturelle moins efficace. Ainsi, l’efficacité varie de 59 % chez les 70-79 ans à 92 % chez les 18-29 ans.
La vaccination contre les infections est réduite à 33%.
Le risque de réinfection est augmenté.
La gravité des cas est 25 % inférieure à celle de la première vague.
Cette étude n'avait pas pu étudier l'impact de la dose de rappel car la campagne de rappel n’avait pas encore débuté en Afrique du Sud
La protection contre le risque d’infection semble diminuer dès le premier mois, passant de 70 % à 45 % au bout de deux mois après une dose de rappel Pfizer. En revanche, l'efficacité contre les formes graves semble maintenue dans le temps après la 3e dose.
En attendant, les laboratoires s'activent pour analyser ce nouveau variant susceptible de rendre moins efficaces leurs vaccins. Pfizer se dit prêt à développer une nouvelle version de son vaccin si nécessaire. "Nous avons pris des mesures il y a des mois pour pouvoir adapter le vaccin à ARNm dans les 6 semaines et expédier les premiers lots dans les 100 jours en cas de variant qui échappe à l'immunité", a indiqué le porte-parole de Pfizer. Son concurrent Moderna promet également "de développer rapidement un candidat vaccin pour une dose de rappel spécifique au variant Omicron".
Les tests de dépistage permettent-ils d'identifier Omicron ?
Oui, affirme l'OMS, "les tests PCR largement utilisés continuent de détecter les infections, y compris les infections par Omicron".
Qu'en est-il des tests antigéniques ?Des données préliminaires de la FDA du 28 décembre 2021 (Food et Drug Administration) suggèrent que les tests antigéniques permettent de détecter le variant Omicron, mais "leur sensibilité peut être réduite". En clair, des personnes qui utilisent un test rapide en pharmacie ou sous forme d'autotest à leur domicile pourraient avoir un résultat faussement négatif, alors qu'elles seraient infectées par le variant Omicron.
Sources :
Health Security Agency
FDA
Omicron variant more resistant to vaccine but causes less severe covid, major South African study concludes, Washington Post, 14 décembre 2021.
Allocution de Boris Johnson (AFP), 12 décembre 2021.
Interview Pr Anne-Laure Cremieux, France Info, 8 décembre 2021.
European Centre for Disease Prevention and Control.
Rapport quotidien variant Omicron, Santé Publique France.
Mise à jour, Variant Omicron, OMS, 28 novembre 2021.
Classification of Omicron (B.1.1.529): SARS-CoV-2 Variant of Concern, OMS, 26 novembre 2021.
Communiqué de presse ministère de la Santé, 28 novembre 2021.
